MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus pneumoniae TIGR4 chromosome

Total Repeats: 44298

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003028	TAA	2	6	45	50	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003028	AAT	2	6	54	59	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003028	TTC	2	6	60	65	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_003028	ATT	2	6	107	112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003028	CTAT	2	8	138	145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_003028	AGG	2	6	183	188	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003028	GAAA	2	8	199	206	75 %	0 %	25 %	0 %	15899950
8	NC_003028	AAGA	2	8	240	247	75 %	0 %	25 %	0 %	15899950
9	NC_003028	TCA	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899950
10	NC_003028	GAAATG	2	12	338	349	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	15899950
11	NC_003028	AAC	2	6	360	365	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15899950
12	NC_003028	ATT	2	6	374	379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899950
13	NC_003028	GTA	2	6	380	385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899950
14	NC_003028	GAA	2	6	467	472	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899950
15	NC_003028	AAAAG	2	10	541	550	80 %	0 %	20 %	0 %	15899950
16	NC_003028	GGA	2	6	659	664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15899950
17	NC_003028	TTA	2	6	686	691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899950
18	NC_003028	GAAAT	2	10	702	711	60 %	20 %	20 %	0 %	15899950
19	NC_003028	A	6	6	715	720	100 %	0 %	0 %	0 %	15899950
20	NC_003028	AT	3	6	742	747	50 %	50 %	0 %	0 %	15899950
21	NC_003028	TTA	2	6	762	767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899950
22	NC_003028	GAT	2	6	848	853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899950
23	NC_003028	A	7	7	871	877	100 %	0 %	0 %	0 %	15899950
24	NC_003028	GAA	2	6	890	895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899950
25	NC_003028	GAG	2	6	983	988	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15899950
26	NC_003028	C	7	7	1032	1038	0 %	0 %	0 %	100 %	15899950
27	NC_003028	A	8	8	1195	1202	100 %	0 %	0 %	0 %	15899950
28	NC_003028	TGC	2	6	1225	1230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15899950
29	NC_003028	ATA	2	6	1413	1418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15899950
30	NC_003028	GGAA	2	8	1434	1441	50 %	0 %	50 %	0 %	15899950
31	NC_003028	TCAT	2	8	1467	1474	25 %	50 %	0 %	25 %	15899950
32	NC_003028	AAAAT	2	10	1484	1493	80 %	20 %	0 %	0 %	15899950
33	NC_003028	TGAT	2	8	1497	1504	25 %	50 %	25 %	0 %	15899950
34	NC_003028	AATC	2	8	1533	1540	50 %	25 %	0 %	25 %	15899950
35	NC_003028	AAT	2	6	1554	1559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15899950
36	NC_003028	T	6	6	1577	1582	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003028	T	6	6	1586	1591	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_003028	T	6	6	1599	1604	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003028	A	6	6	1614	1619	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003028	TAT	2	6	1668	1673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003028	TAT	2	6	1677	1682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003028	ATAA	2	8	1699	1706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003028	TAA	2	6	1734	1739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15899951
44	NC_003028	ATTT	2	8	1742	1749	25 %	75 %	0 %	0 %	15899951
45	NC_003028	TAC	2	6	1764	1769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899951
46	NC_003028	AG	3	6	1772	1777	50 %	0 %	50 %	0 %	15899951
47	NC_003028	A	7	7	1895	1901	100 %	0 %	0 %	0 %	15899951
48	NC_003028	CTT	2	6	1925	1930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15899951
49	NC_003028	CTT	2	6	1942	1947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15899951
50	NC_003028	CTT	2	6	1952	1957	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15899951
51	NC_003028	GTA	2	6	1969	1974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899951
52	NC_003028	AGCA	2	8	2106	2113	50 %	0 %	25 %	25 %	15899951
53	NC_003028	ATT	2	6	2149	2154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899951
54	NC_003028	TGC	2	6	2169	2174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15899951
55	NC_003028	AG	3	6	2184	2189	50 %	0 %	50 %	0 %	15899951
56	NC_003028	A	6	6	2278	2283	100 %	0 %	0 %	0 %	15899951
57	NC_003028	A	7	7	2294	2300	100 %	0 %	0 %	0 %	15899951
58	NC_003028	TGA	2	6	2304	2309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899951
59	NC_003028	GAT	2	6	2365	2370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899951
60	NC_003028	ACT	2	6	2500	2505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899951
61	NC_003028	GTT	2	6	2608	2613	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15899951
62	NC_003028	GTAAA	2	10	2642	2651	60 %	20 %	20 %	0 %	15899951
63	NC_003028	GAA	2	6	2653	2658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899951
64	NC_003028	ACTT	2	8	2710	2717	25 %	50 %	0 %	25 %	15899951
65	NC_003028	GATT	2	8	2718	2725	25 %	50 %	25 %	0 %	15899951
66	NC_003028	CAG	2	6	2798	2803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899951
67	NC_003028	AGT	2	6	2912	2917	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899952
68	NC_003028	TTG	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15899952
69	NC_003028	A	6	6	2948	2953	100 %	0 %	0 %	0 %	15899952
70	NC_003028	AAAAT	2	10	3029	3038	80 %	20 %	0 %	0 %	15899952
71	NC_003028	GTA	2	6	3039	3044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899952
72	NC_003028	TGT	2	6	3055	3060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15899952
73	NC_003028	ATG	2	6	3062	3067	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899952
74	NC_003028	ATT	2	6	3101	3106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899952
75	NC_003028	TTAG	2	8	3119	3126	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003028	TGAAA	2	10	3170	3179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003028	CAG	2	6	3206	3211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899953
78	NC_003028	GCA	2	6	3280	3285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899953
79	NC_003028	CGA	2	6	3299	3304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899953
80	NC_003028	TGG	2	6	3323	3328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15899953
81	NC_003028	AACT	2	8	3353	3360	50 %	25 %	0 %	25 %	15899953
82	NC_003028	TGA	3	9	3516	3524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899953
83	NC_003028	TTC	2	6	3701	3706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15899953
84	NC_003028	AGA	2	6	3726	3731	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899953
85	NC_003028	GAC	2	6	3801	3806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899953
86	NC_003028	CAAA	2	8	3876	3883	75 %	0 %	0 %	25 %	15899953
87	NC_003028	AGT	2	6	3915	3920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899953
88	NC_003028	GAA	2	6	3943	3948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899953
89	NC_003028	TGAAT	2	10	3954	3963	40 %	40 %	20 %	0 %	15899953
90	NC_003028	A	6	6	3973	3978	100 %	0 %	0 %	0 %	15899953
91	NC_003028	CTTG	2	8	4044	4051	0 %	50 %	25 %	25 %	15899953
92	NC_003028	ACTT	2	8	4060	4067	25 %	50 %	0 %	25 %	15899953
93	NC_003028	AAG	2	6	4082	4087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899953
94	NC_003028	CTC	2	6	4121	4126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15899953
95	NC_003028	AGC	2	6	4128	4133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899953
96	NC_003028	TAT	2	6	4137	4142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899953
97	NC_003028	AAG	2	6	4229	4234	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899953
98	NC_003028	GAA	2	6	4249	4254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899953
99	NC_003028	AT	3	6	4263	4268	50 %	50 %	0 %	0 %	15899953
100	NC_003028	TAA	2	6	4316	4321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003028	A	7	7	4341	4347	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003028	AAAT	2	8	4376	4383	75 %	25 %	0 %	0 %	15899954
103	NC_003028	AAACA	2	10	4431	4440	80 %	0 %	0 %	20 %	15899954
104	NC_003028	TTGA	2	8	4457	4464	25 %	50 %	25 %	0 %	15899954
105	NC_003028	GAA	2	6	4474	4479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899954
106	NC_003028	AC	3	6	4496	4501	50 %	0 %	0 %	50 %	15899954
107	NC_003028	A	6	6	4548	4553	100 %	0 %	0 %	0 %	15899954
108	NC_003028	ATGA	2	8	4580	4587	50 %	25 %	25 %	0 %	15899954
109	NC_003028	TTA	2	6	4610	4615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899954
110	NC_003028	GAT	2	6	4658	4663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899954
111	NC_003028	CAG	2	6	4707	4712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899954
112	NC_003028	TAT	2	6	4735	4740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899954
113	NC_003028	ATTGGA	2	12	4778	4789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899954
114	NC_003028	GTT	2	6	4811	4816	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15899954
115	NC_003028	CAT	2	6	4817	4822	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899954
116	NC_003028	GAT	2	6	4844	4849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899954
117	NC_003028	ACT	2	6	4896	4901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899954
118	NC_003028	TTA	2	6	4961	4966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899955
119	NC_003028	A	6	6	4994	4999	100 %	0 %	0 %	0 %	15899955
120	NC_003028	CTA	2	6	5055	5060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899955
121	NC_003028	TTGCAA	2	12	5067	5078	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15899955
122	NC_003028	AGA	2	6	5092	5097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899955
123	NC_003028	GAT	2	6	5198	5203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899955
124	NC_003028	TGG	2	6	5211	5216	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15899955
125	NC_003028	A	6	6	5238	5243	100 %	0 %	0 %	0 %	15899955
126	NC_003028	T	6	6	5269	5274	0 %	100 %	0 %	0 %	15899955
127	NC_003028	GCA	2	6	5315	5320	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15899955
128	NC_003028	GATT	2	8	5325	5332	25 %	50 %	25 %	0 %	15899955
129	NC_003028	GAA	2	6	5384	5389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899955
130	NC_003028	GAG	2	6	5478	5483	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15899955
131	NC_003028	T	6	6	5534	5539	0 %	100 %	0 %	0 %	15899955
132	NC_003028	TGA	2	6	5542	5547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899955
133	NC_003028	GAAA	2	8	5590	5597	75 %	0 %	25 %	0 %	15899955
134	NC_003028	GA	3	6	5641	5646	50 %	0 %	50 %	0 %	15899955
135	NC_003028	AGA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899955
136	NC_003028	TGA	2	6	5851	5856	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899955
137	NC_003028	TGA	2	6	5868	5873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899955
138	NC_003028	AGA	2	6	5917	5922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15899955
139	NC_003028	A	6	6	5984	5989	100 %	0 %	0 %	0 %	15899955
140	NC_003028	TCAAT	2	10	6058	6067	40 %	40 %	0 %	20 %	15899955
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270	NC_003028	A	6	6	11910	11915	100 %	0 %	0 %	0 %	15899961
271	NC_003028	ATG	2	6	12004	12009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899961
272	NC_003028	TGG	2	6	12024	12029	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15899961
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410	NC_003028	TC	3	6	17984	17989	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
411	NC_003028	ACC	2	6	18164	18169	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
412	NC_003028	AAT	2	6	18184	18189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
413	NC_003028	AGC	2	6	18244	18249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
414	NC_003028	ATTC	2	8	18251	18258	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
415	NC_003028	TG	3	6	18373	18378	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
416	NC_003028	GAG	2	6	18394	18399	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
417	NC_003028	GA	3	6	18524	18529	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
418	NC_003028	ACA	2	6	18550	18555	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
419	NC_003028	CTAA	2	8	18605	18612	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
420	NC_003028	GTCT	2	8	18630	18637	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
421	NC_003028	TAG	2	6	18707	18712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
422	NC_003028	GA	3	6	18820	18825	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
423	NC_003028	CT	3	6	18936	18941	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
424	NC_003028	GAT	2	6	18954	18959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
425	NC_003028	CGG	2	6	19045	19050	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
426	NC_003028	GA	3	6	19143	19148	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
427	NC_003028	TAGG	2	8	19261	19268	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
428	NC_003028	TAC	2	6	19315	19320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
429	NC_003028	CCT	2	6	19403	19408	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
430	NC_003028	GGT	2	6	19539	19544	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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432	NC_003028	CGT	2	6	19734	19739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
433	NC_003028	AGGGA	2	10	19872	19881	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
434	NC_003028	TA	3	6	19938	19943	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_003028	GA	3	6	19958	19963	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
436	NC_003028	GAAGTG	2	12	19983	19994	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
437	NC_003028	ACTAAT	2	12	20013	20024	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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439	NC_003028	GTA	2	6	20259	20264	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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441	NC_003028	T	6	6	20341	20346	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_003028	TAA	3	9	20353	20361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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445	NC_003028	TC	3	6	20454	20459	0 %	50 %	0 %	50 %	15899964
446	NC_003028	GTA	2	6	20477	20482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15899964
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449	NC_003028	A	6	6	20727	20732	100 %	0 %	0 %	0 %	15899964
450	NC_003028	CTA	2	6	20742	20747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15899964
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452	NC_003028	GAA	2	6	20906	20911	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
453	NC_003028	T	6	6	20998	21003	0 %	100 %	0 %	0 %	15899965
454	NC_003028	AC	3	6	21041	21046	50 %	0 %	0 %	50 %	15899965
455	NC_003028	TTA	3	9	21053	21061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15899965
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471	NC_003028	TGA	2	6	22008	22013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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